В Кубанском медицинском институте обучение ведётся на трёх факультетах - лечебном, стоматологическом и педиатрическом.
Специальности
| Факультет | Специальность | Срок обучения | Форма обучения |
| Лечебный | Лечебное дело | 6 лет | очная (договор) |
| Педиатрический | Педиатрия | 6 лет | очная (договор) |
| Стоматологический | Стоматология | 5 лет | очная (договор) |
Образовательная деятельность осуществляется только по договорам об образовании за счет физических или юридических лиц, бюджетных мест нет.
Для улучшения качества подготовки студенты обучаются малыми группами - по 12-16 человек в учебных группах младших курсов и 11-15 человек в учебных группах старших курсов. Шестидневная учебная неделя позволяет сбалансировать нагрузку на студентов.
Учебная и производственная практики в соответствии с учебным планом проводится в
лечебно-профилактических учреждениях г. Краснодара и Краснодарского края, а также в других регионах России и за рубежом.
Всего на трех факультетах института обучается 328 студентов (октябрь 2018 г.), в том числе иностранные студенты из Республики Узбекистан, Украины, Вьетнама.
Обучение по всем специальностям ведется на русском языке.
